MARGIN-prosjekt

MARGIN-prosjektet

Overvåkning og sporing av antimikrobielle resistensgener i miljø- og kliniske prøver ved bruk av maskinlæring 

Vi ønsker å undersøke forekomst av antibiotika resistente gener, både kjente og nye, og å undersøke fra hvilke bakterier disse genene har sitt opphav. Vi vil lete etter antibiotika resistente gener både i humane prøver og prøver fra miljøet, og informasjonen kan brukes til å si noe om hvordan resistensgenene sprer seg i miljøet, og om det er medikamentbruk eller andre årsaker som er opphav til økningen vi har sett de siste 10-årene.   

En stor andel av de antibiotika resistente genene som finnes hos mennesker har sitt opphav i bakterier i natur og miljø utenfor sykehusene. Disse kildene er lite studert, selv om vi vet at overføring av resistensgener fra miljøet er viktig for utvikling av multiresistente bakterier.

Tilgang til prøver tatt over tid fra både generelle populasjoner, pasienter og fra naturen vil gjøre det mulig å identifisere hva som er viktige kilder til antibiotika resistente gener. Vi ønsker å beskrive geografisk forskjeller og endring over tid i resistensutvikling både hos bakteriene som vi vanligvis finner hos mennesker og de som er i naturen.

Nye og effektive screeningsmetoder sammen med matematiske og maskinlæring modeller vil bli brukt for å beskrive hvordan antimikrobiell resistens overføres mellom humane og non-humane reservoarer. Vi håper at prosjektet kan bidra til bedre resistens overvåkning og med nyttig og relevant informasjon til helsepersonell og beslutningstakere, og å øke bevisstheten i forhold til måtehold i bruk av antibiotika.

Vi har tilgang til prøver fra miljøet og mange forskjellige studiepopulasjoner- både fra friske personer og pasienter. Disse prøvene gjør det mulig å kartlegge forekomst av kjente og nye resistente bakterier, og å sammenligne resistensgener fra forskjellige kilder: munnhule og tarm og prøver fra innemiljø hos friske personer, samt prøver fra lunge og tarm fra pasienter. I tillegg har vi tilgang til prøver fra kloakkrenseanlegg. Med unike tidsserieprøver kan vi identifisere viktige kilder til antibiotika resistente gener og kartlegge geografiske forskjeller og endringer i antimikrobiell resistens over tid i populasjoner og i miljøet omkring oss.

Om prosjeklederen

© Jørgen Barth
© Jørgen Barth

Randi Jacobsen Bertelsen

Randi er leder for forskningsgruppen BRuSH ved Klinisk institutt 2, Universitetet i Bergen. Hun har biologi og epidemiologi bakgrunn med kompetanse på miljøeksponeringer innen astma- og allergiforskning. De siste årene har hun fokusert spesielt på bakterieflora i munnhule og innemiljø i forhold til lungehelse.